合肥市疾控中心成立于2003年12月，是公益一類事業(yè)單位，核定編制133人，目前現(xiàn)有在職職工151人，其中高級職稱31人、中級職稱47人；專業(yè)技術人員占91.3%；擁有博士2人、碩士48人、本科71人，本科以上人員占比79.3%。中心內設11個專業(yè)科室、7個職能科室及3個開發(fā)區(qū)分站。主要承擔全市重大公共衛(wèi)生服務，突發(fā)公共衛(wèi)生事件處置，學校衛(wèi)生、環(huán)境衛(wèi)生、食品衛(wèi)生和生活飲用水監(jiān)測，慢性病防控和全民健康促進等工作。
        中心堅持以人的健康為中心、科研創(chuàng)新為動力，力求補短板、建機制、促改革,全面提升疾病防控綜合服務能力。近年來政府支持力度不斷加大，市級財政投入實現(xiàn)數(shù)倍增長。中心新址已啟動建設，將于2021年投入使用，建筑面積達2.2萬平方米，其中實驗室1.2萬平方米。中心全面推行“6S”精益管理，樹立疾控新形象。創(chuàng)新健康知識傳播模式，制作“小吉守健康”系列動漫健康公益宣傳片，不斷向市民傳播健康知識。中心實驗室具有CMA（中國計量認證）和CNAS（中國合格評定國家認可委員會）實驗室認可資質，可開展7類163個國家實驗室認可和12類485個省級計量認證檢測項目，發(fā)現(xiàn)的一株H9N2亞型流感毒株被WHO選為疫苗推薦株。同中國疾控中心、安醫(yī)大、安徽大學建立科研合作關系，實現(xiàn)科研能力新突破。“衛(wèi)生應急學科”為省級重點學科，環(huán)境衛(wèi)生、慢性病管理、學校衛(wèi)生、免疫規(guī)劃、艾滋病防控等學科建設處于全省領先地位。不斷加強人才隊伍建設，建立內部激勵機制，首次開展“十大突出貢獻獎”、“十大杰出青年”評選等。
        中心承接國家空氣污染對人群健康影響監(jiān)測、公共場所危害因素監(jiān)測、COPD監(jiān)測、心血管高危人群綜合干預、城市癌癥早診早治、世行高血壓防治綜合管理等項目。成功申報國家環(huán)境健康風險評估試點單位和全國首批疾病預防控制信息化試點單位。腫瘤監(jiān)測數(shù)據從2013年起連續(xù)六年被《中國腫瘤登記年報》收錄，2010～2012年腫瘤登記數(shù)據被世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究署《五大洲癌癥發(fā)病率》收錄。先后榮獲全國先進集體、安徽省“五一勞動獎狀”、中共合肥市委先進黨組織、合肥市政府先進集體、合肥市“三八紅旗”先進集體等稱號。